A pneumococcus infekciók általában antibiotikummal kezelhetőek. Két probléma adódhat a kezeléssel kapcsolatban:

1. A súlyos pneumococcus infekciók esetenként nagyon gyorsan alakulnak ki és gyorsan zajlanak. Gyakran már az első 24-48 órában eldől a beteg sorsa. Sok esetben túl későn kezdődik az antibiotikus kezelés.
   
   
2. Antibiotikum-rezisztencia:
   Terjednek az antibiotikumra nem érzékeny (rezisztens) pneumococcus törzsek. Világszerte beszámoltak elsősorban penicillinre és makrolid típusú antibiotikumokra (pl. erythromycinre) rezisztens pneumococcusokról. Az ilyen antibiotikum-rezisztencia előfordulása egyes európai országokban drámaian magas (Spanyolország).

A hazai IPD incidencia felmérését célzó vizsgálat során az egyes izolált pneumococcus törzsek antibiotikum érzékenységét is megvizsgálták. Közel minden második(47%) izolált törzs makrolid rezisztens volt. (egyfajta típusú antibiotikum)

Ennek oka a széleskörben, gyakran feleslegesen alkalmazott antibiotikum kezelésekben kereshető, amely következtében a kórokozók ellenállóvá válnak az antibiotikumokkal szemben. Ezek a rezisztens törzsek kiválasztódnak, elszaporodnak és a gyógyszerek többé már nem hatásosak ellenük.